白人把内外矛盾积累出来的不满发泄在黑人身上，面对周边白人仇视的眼睛，黑人军团士兵们的神灵已经很是紧张，当佩德罗二世解除武装的命令下达，担心交出武器遭到迫害的黑人士兵们，一部分携带武器逃跑，一部分在少数底层军官的带领下公开反叛，然后通过各种渠道加入叛乱武装。
巴西黑人军团根据废奴政策建立，巅峰时期人数超过十万，然而在佩德罗二世的一纸命令下，两万多黑人士兵或逃离到内陆地区或加入叛乱武装，留下来的三万多黑人士兵也在巴西军队的监视下解除武装，进入专门为他们设置的监管区，由此，以往对外战争中发挥出不小作用的黑人军团迅速烟消云散。
黑人军团因为直属于佩德罗二世领导的关系，一直不受巴西军队的待见，这次利用巴伊亚黑人叛乱视角解散黑人军团符合巴西军队一众大佬的心意，因此，在将剩余黑人士兵看管起来后，以加西亚为首的巴西老牌将领们迅速组织部队开赴叛乱地区，打算采取步步紧逼的战略一次性解决巴伊亚州屡屡爆发的叛乱问题。