蔡元培以党国元老和国民党中央监察委员的身份，在一系列事件中，处处与国民党的政治举措唱对台戏，让南京国民党当局一部分主政者极为恼火，遂对蔡元培发出警告以至于恐吓和威胁。
1932年11月，国民党南京市党部对蔡元培、杨杏佛营救陈独秀的做法提出书面警告，指其“为清议所不值”“徇于私情，曲加保护，为反动张目”。又于次年2月10日要求解散民权保障同盟，并对蔡元培、宋庆龄提出警告，指责“蔡元培、宋庆龄等擅组民权保障同盟，发表宣言，保障反革命及共.党要犯，实破坏本党威信，逾越中委职权”。
1933年6月18日，民权保障同盟总干事、中国人权运动先驱杨杏佛带着儿子驾车外出，至上海亚尔培路时，设伏的“蓝衣社”几名特务突然从路边冲出，将杨杏佛乱枪杀害。
蔡元培闻讯后即驱车前往现场查看，随后到医院瞻礼杨杏佛遗体，集结同仁商讨善后事宜。同日，他以中研院长的身份致电汪精卫、林森，要求立即“饬属缉凶，以维法纪”。
参加杨杏佛公祭的鲁迅说：“今天蔡先生是去的，他很悲哀。……打死杨杏佛，原是对于孙夫人和蔡先生的警告，但他们两人是坚决的。”
杨杏佛的事直接导致了民权保障同盟在无形中解散，但这没有阻挡住蔡元培人权事业的脚步。
1933年10月，著名新闻人邹韬奋主编的《生活周刊》因为宣扬民主、抗日而被国民党当局查封，蔡元培连发两电要求解禁。
1934年2月，共产党员、国民党的老同志何香凝之婿李少石被抓，蔡元培参与营救，与张静江等设法将其保释。
同年9月，著名史
第466章 保护进步人士(5/6)