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光复会成立的第二年，即1905年，孙中山、黄兴、陈天华等人在日本成立同盟会，比光复会晚了一年。孙中山成立同盟会的原因，是当时中国国内的反清革命团体缺乏统一领导，不能形成合力。鉴于蔡元培的影响，同盟会在成立后，把蔡元培任命为上海分会会长。蔡元培一时成了同盟会和光复会的双料会员。
蔡元培这时可没有考虑自己的小团体利益和宗派，他从革命形势的大局出发，在接受孙中山的委任后，他便积极地说服光复会同志，化解罅隙，把光复会置于同盟会的领导之下，停止以光复会名义在上海的活动。这就为中山先生的革命事业平添了一股生力军，扩大了其在国内的影响。