了方志立“三书”的体例，即“志、掌故、文征各成一书，相互辅佐，志的部分体现作者的别出心裁，掌故收编一方典章，文征汇集一方文献”，从而解决了方志学术性与资料性的矛盾。这样，章学诚的方志学理论已趋于成熟。
《亳州志》修成的当年，章学诚离亳州赴武昌，依附毕沅继续编辑《史籍考》，并参与了毕沅《续资治通鉴》的编纂。从乾隆五十五年（1790年）至乾隆五十七年（1792年），《答客问》《史德》《方志立三书议》《书教》等接踵而成，标志着章学诚已形成自己的史学理论体系。
章学诚还乡时已经五十七岁，离乡四十余年，历尽艰辛。家中没有什么资产，只是“藏书甚富”而已。
但他并未从此居家过安定生活，不久又出游扬州、安庆、桐城等地，其中一个重要的目的就是想寻取支持以便完成《史籍考》。
这部巨著在湖北武昌借助毕沅之力，已完成十之八九，因毕沅遭贬谪而中断。嘉庆三年（1798年），他在杭州靠谢启昆支持重新修订，编成三百二十五卷，但此书终于未能流传，仅有草创时的《论修史籍考要略》和成书时的《史考释例》二文以及《史籍考总目》留存至今。
嘉庆五年（1800年），章学诚因眼病失明，仍坚持著述，直至病逝。