系，也就是控本系、紫光系、启迪系。
其中控本系指的是水木控股或其全资子公司直接控制的上市公司，包括同方股份、诚志股份和辰安科技。紫光系以紫光集团为平台，控制紫光股份、紫光国微和紫光学大，参股文一科技等众多上市公司；启迪系通过启迪控股，控制启迪古汉和启迪环境。此外，紫光系、启迪系分别参股多家A股公司，同方股份是泰豪科技的第一大股东。
诚志股份是水木大学控股的一家从事生物制品及医药生产和销售的高科技上市公司。目前水木控股直接持有诚志股份11.76%的股份，通过全资子公司诚志科荣持有33.44%。水木控本系的另一家上市公司辰安科技，主要依托水木大学公共安全研究院的技术优势，从事公共安全和应急技术的产业化，水木控股直接持有辰安科技8.16%股份，通过全资子公司水木控创持股18.68%。
至于同方股份，在水木控本系中拥有着特殊的地位，因其规模、知名度均较另两家上市公司有更大的优势。同方股份是水木控股唯一的直接控股的A股上市公司，后者依托水木大学的科研实力与人才平台，走产学研结合之路，定位于多元化综合性科技实业孵化器，致力于华夏高科技成果的转化和产业化。截至目前，水木控股直接持有同方股份25.75%，紫光集团持股2.35%。
在水木大学的校办企业中，紫光系最为庞大和复杂。紫光集团是一家领先的数字化基础设施和服务企业，并着力发展电子元器件和设备制造产业。截至2018年底，紫光集团在全球拥有4万名以上员工，总资产约为2700亿元。紫光集团是全球第三大手机芯片设计企业，占到全球
第四百二十五章校办企业(5/7)